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Genbank格式的基因序列绘制基因的结构图
应用背景
NCBI上很多基因组DNA序列都有结构描述,其中关于内含子结构的描述通常是 CDS join(1..193,290..1284),表示两个外显子,中间一个是内含子位置,有些基因组DNA更复杂,内含子数目可能达到10个以上,看起来眼花缭乱。很多研究者希望把这些结构信息以图形的形式展示,一目了然,容易分析。用这个perl脚本可以方便的绘制图形,只需要把序列下载下来,输入一个命令自动绘图成功!
关键技术
计算机条件:linux系统,我是在ubuntu系统上使用的。网上下载bioperl 安装。安装很简单,bioperl下载后解压到一个盘上,形成一个文件夹。安装Bio::Graphics的方法,在ubuntu的命令行下输入 sudo perl -MCPAN -e"install Bio::Graphics" 即可自动安装。在Ubuntu安装了bioperl,Bio::Graphics后,可以cd到这些perl脚本和文件所在的文件夹下,在linux终端输入命令行, genbankplot.pl NM_172587.gb >1.png,得到的png图像双击就打开,是基因的结构图!!!注意先把NM_172587.gb 这个genbank下载的文件拷贝到bioperl文件夹下。得到的图就像1.png。
- 2022-02-10 02:56:54下载
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一个视频运动目标检测的代码,算法采用VC编写,很不错的-A video moving target detection code algorithm uses VC to prepare, very good
- 2022-03-02 03:44:19下载
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在图像处理中,主要用于求取图像的直方图像。-In image processing, mainly for striking images, like the histogram
- 2022-02-15 08:00:01下载
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bmp浏览器,编译成功-bmp browser, compiler success
- 2022-04-22 18:27:47下载
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关于图形学用VC++的基本代码.改程序包括了几乎所有的计算机图形学基础算法-graphics with VC on the basic code. Changed procedures include almost all of the computer graphics based algorithm!
- 2022-01-26 02:12:19下载
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对jpg文件操作,包含了bmp文件的结构定义-Jpg file of the operation, contains a bmp file structure definition
- 2022-05-06 06:34:42下载
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outlook风格的界面例子-Outlook style interface example
- 2022-07-02 09:41:57下载
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用于边缘检测的一个程序,主要是采取的像素的四邻域的特性-For edge detection of a program, mainly to take the pixel-domain characteristics of the neighborhood
- 2022-01-25 17:13:34下载
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用c编写得图像镜像得源代码,希望对大家有用
-C was used to prepare a mirror image source code, useful for all of us hope
- 2023-02-13 20:35:04下载
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一个关于人脸识别的PCA方法,不知有没有,先传了。程序非常简单,每一行都有非常详尽的注释。所以可供刚入门者学习。-On the PCA face recognition method, I wonder if there are not, first passed. Procedure is very simple, each line has very detailed notes. So for beginners just learning.
- 2022-01-22 16:55:06下载
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